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Debido a la escasez de pruebas fósiles es puramente especulativo establecer un origen y una filogenia de estos organismos. Los primeros restos reconocidos se remontan al Precámbrico, hace unos 600 millones de años, pero los líquenes fósiles mejor conservados son los englobados en ámbar del Mioceno, de entre los cuales se identifican a algunos géneros actuales. También se han encontrado restos fósiles en depósitos recientes de turba, con géneros igualmente presentes en la actualidad, probablemente los líquenes estaban ya muy diversificados en el Terciario, de modo que la antigüedad de los hongos susceptibles a liquenización probablemente sea muy parecida a la de las plantas fanerógamas, lo cual pone de manifiesto el gran éxito evolutivo de estos organismos. Es conocido en el mundo de la paleobotánica que el registro fósil, incompleto, no puede mostrar en absoluto la realidad de la flora de la época a la que pertenece, es por ello que se hace necesario deducir a partir de los escasos rastros conservados y a partir de la filogenia en qué momento aparecen muchos de los grupos vegetales y, en nuestro caso, la simbiosis entre un alga y un hongo.