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En este trabajo se presentan los fundamentos más importantes de la mineralogía de los metales pesados. El tema de nuestro interés inicio con el mercurio, sin embargo se fue adicionando de otros metales, para estudiar el sur de la Sierra Gorda, al centro de México. Este lugar se conoce desde los años 60 por la presencia de minas prehispánicas de cinabrio (sulfuro rojo de mercurio). Se presenta brevemente su uso en grandes centros prehispánicos de la zona maya y de Teotihuacán, para centrarse después en la zona donde desde hace 20 años se han desarrollado investigaciones sobre la presencia de minas prehispánicas, la localización de sitios dedicados a la extracción del mercurio y el proceso de trabajo para obtener cinabrio. Estas actividades llevaron a la contaminación de diversos metales pesados en el medio ambiente, en los sitios arqueológicos y en habitantes prehispánicos. Los resultados presentados en este trabajo implican equipos de trabajo a lo largo de los últimos 20 años de investigación en esta área.