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Los líquenes son un grupo polifilético, es decir proveniente de multitud de ancestros diferentes, que ha evolucionado hacia un mismo patrón partiendo de relaciones diferentes, lo que genera problemas para aceptar una clasificación por todos los expertos. La clasificación de Ozenda y Clauzade se basa en primer lugar en el tipo de hongo que forma la simbiosis, de este modo se diferencian tres clases: Ascolíquenes, Basidiolíquenes e Hifolíquenes, según sea el hongo un ascomiceto, un basidiomiceto o un deuteromiceto, respectivamente. Dentro del primer grupo se diferencian, a su vez, dos subclases Pirenolíquenes y Discolíquenes según posean peritecios o apotecios. Los ascolichenes constituyen el 96% de los líquenes siendo muy pocos los basidiolíquenes. En la actualidad la posición taxonómica de los líquenes se encuentra en proceso de investigación y es muy extendida la tendencia a agruparlos dentro de los hongos ascomycotas en la clase Lecanoromycetes, que es la que concentra la mayoría de los micosimbiontes conocidos, esta clasificación sin embargo deja fuera de la definición de liquen a aquellos formados por basidiomicotas y oomicotas.